فاضلاب بهداشتی زندان شهر گلپایگان وارد سپتیک بتنی شده و از آنجا به واحد متعادلسازی فلزی پکیجهای تصفیه فاضلاب پمپاژ می گردد. پس از هوادهی که به کمک مدیاهای معلق راندمان رشد چسبیده افزایش یافته است، فاضلاب هوادهی شده به مخازن ته نشینی هدایت شده و از آنجا پساب تصفیه شده پس از فیلتراسیون توسط فیلترهای شنی به مخزن بزرگ بتنی مدفون مجاور آن منتقل و پمپاژ می گردد. لجن حاصله نیز پس از جمع آوری و تثبیت از سیستم خارج و به محلهای مجاز تخلیه می شود.

با انجام این سیستم تصفیه، آلودگی زیادی که از تجمع فاضلاب زندان طی سالیان متمادی ایجاد شده بود حذف شده و دیگر در محیط اطراف زندان بوی نا مطبوع منتشر نمی گردد.